Terdapat dua terminal penumpang di Polonia, satu terminal perlepasan dan satu untuk kedatangan, dan jika ditotal luasnya mencapai 13.811 meter².[1] Keduanya juga masing-masing dibagi untuk penerbangan domestik dan internasional. Terminal domestik Polonia mempunyai luas 7.941 meter² dan saat ini (laporan Januari 2006) menampung 1.810 orang yang datang bersamaan, sehingga setiap penumpang mempunyai luas 4m², kurang dari standar sebesar 14m² yang ditetapkan pemerintah. Sebuah kebakaran menghanguskan seluruh dari terminal kedatangan antarabangsa pada 9 Mac 2006, namun tidak ada korban jiwa dalam peristiwa tersebut. Sebab kebakaran diduga adalah arus pendek.[2] Kebakaran kembali terjadi pada 1 Disember 2007 namun kali ini terjadi di terminal keberangkatan domestik. Hampir seluruh gedung terminal terbakar dalam peristiwa ini.[3]

Mulai 1 Oktober 2006, menyusul peristiwa penyimpangan muatan barang di Lapangan Terbang Antarabangsa Soekarno-Hatta pada September 2006, dioperasikan pula sebuah terminal kargo satu pintu yang diharapkan dapat menertibkan pergerakan kargo dan mencegah terjadinya manipulasi muatan barang.